板蓝根性味苦寒，归心、肺、肝经，具有清热解毒，凉血利咽的功效，且以解毒利咽散结见长。中医用于治疗温热病发斑、痄腮、喉痹、大头瘟疫、丹毒、痈肿等热毒症。配伍金银花、连翘、荆芥等，可治疗风热感冒及温热病的发烧、头痛、口渴、咽痛、舌苔黄等症状。配伍玄参、连翘、牛蒡子等，可治疗大头瘟疫，头面红肿，咽喉不利等。对腮腺肿痛并发烧，可用板蓝根配伍金银花、薄荷等，效果也很好。板蓝根还被制成多种剂型，如板蓝根冲剂、片剂和口服液等，被广泛地应用于临床。
板蓝根含有多种氨基酸、谷苗醇、靛青、靛玉红等多种药用成分，对金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌、甲型链球菌、流感杆菌、伤寒杆菌、痢疾杆菌及流感病毒和乙肝病毒等有不同程度的抑制作用。每年季节变化时期，细菌、病毒等微生物繁殖与传播较快。因此，与季节变化有关的疾病如流行性感冒、流行性脑炎、麻疹、猩红热、腮腺炎、急性支气管炎、肺炎等，发病率也相对较高。在治疗这些疾病中，常用板蓝根配伍使用，有较好的治疗作用。
板蓝根还可以促进肝细胞功能的恢复，治疗急性传染性肝炎，对一些病毒引起的皮肤病，如水痘、带状疱疹也有治疗作用。它还能用于治疗疱疹性口腔炎，可促进口腔黏膜的再生和溃疡愈合。
板蓝根还有解热和抗炎作用，不仅可以消除由体内病菌代谢而产生的毒素，从而避免发烧等症状的发生，而且能明显地降低使用抗生素之后导致的不良反应。
由于板蓝根性味苦寒，用它预防流行性疾病时，要注意适量，不要多服久服，最好不要超过三天。如体质偏虚寒的人，常感脾胃不和、容易腹泻、身体怕冷，就更不适宜多喝板蓝根。尤其是小孩，脾胃功能尚未健全，多服板蓝根，更容易引起消化不良等症状。有的人把板蓝根泡茶，每天都喝，则更是不可取的。
有一个病例，家长为预防孩子感冒，每天都让孩子服用3包板蓝根，结果一个星期后，孩子出现了消化道出血的症状；曾有一名4岁的小孩，连服8天板蓝根，结果出现头晕、胸闷等不适；还有病例显示有人因长期服用板蓝根导致腹泻不止。虽然都是个别病例，但可以说明如果不辨别个体差异而一味乱用板蓝根，还是会有副作用的。
另外，如果长时间大剂量使用板蓝根，在肝脏的解毒能力下降时，还会引起蓄积中毒，出现消化系统和造血系统损害，如上消化道出血、白细胞减少等。也有个别患者服用板蓝根过敏的情况。可见，板蓝根虽毒副作用较小，但如果不对证地长期服用或过量滥用，也会产生不良反应。
